De naam Desteldonk betekent een bijlvormige zandige opduiking in een moerassig terrein. Het dorp lag aanvankelijk aan de rechteroever van de Durme, eertijds een belangrijke rivier. In de bedding ervan werd een deel van het kanaal Gent-Terneuzen gegraven, in een ander deel de Moervaart.
In een oorkonde van 966 bevestigde de Frankische koning Lotharius dat een deel van Desteldonk tot de bezittingen van de Sint-Baafsabdij behoorde. In 1248 werd een belangrijk deel van Desteldonk een grafelijke heerlijkheid die afhing van de Gentse Oudburg. Margaretha van Constantinopel begunstigde het dorp met een keure, samen met Hijfte en Doornzele, en delen van Sleidinge, Lovendegem en Waarschoot. Desteldonk was toen al een zelfstandige parochie. De graaf van Vlaanderen gaf delen van Desteldonk in leen aan particulieren. De parochie bleef doorheen het Ancien Régime een verzameling aparte heerlijkheden met verschillende besturen.
In de 16de eeuw had Desteldonk zwaar te lijden onder de godsdienstoorlogen. Toen ook de Fransen in de Hollandse Oorlog in 1677 praktisch het hele dorp kwamen platbranden, sloegen de meeste inwoners op de vlucht. Het fiere Desteldonk kwam deze klap nooit te boven en werd ook later nooit meer een gemeente van betekenis. De meeste inwoners leefden er van de landbouw en het bevolkingscijfer bleef laag.
Op de wijk Moleneinde stond in 1448 een graanwindmolen die opgericht was door de abt van Sint-Baafs. In die buurt kwam in de 19de eeuw nog een andere windmolen. In dezelfde wijk werd in 1884 het voormalige neogotische gemeentehuis gebouwd op de plaats van de vroegere schepenbank.
Omdat de Gentse haven nieuwe gronden nodig had werd Desteldonk op 1 januari 1965 geannexeerd bij Gent.
Bron: http://users.skynet.be/oost-oudburg/start.html.