Keuze voor een strenge kloosterorde
Bernardus is waarschijnlijk pas vijftien jaar als zijn moeder sterft. De eerste jaren hierna leeft hij het luxeleven van een jonge edelman, maar dat bevredigt hem steeds minder. Hij zondert zich steeds meer af, piekert over zijn bestemming en raakt ervan overtuigd dat hij moet kiezen voor het kloosterleven. Vanaf 1110 start hij in huiselijke kring met een eigen, experimentele monniksgemeenschap. Twee jaar later weet hij in zijn enthousiasme zowel een oom als zijn broers en vrienden over te halen zich samen met hem te melden bij het kort daarvoor gestichte klooster van Cîteaux. Dat is een bijzondere keuze, omdat het voor mannen van adellijke afkomst volstrekt logisch zou zijn om te kiezen voor de invloedrijke en welgestelde kloosterorde van Cluny. De keuze van Bernardus en zijn bijna dertig metgezellen is van een radicaliteit die er niet om liegt. Ze worden aangetrokken door een strenge toepassing van de kloosterregels van Benedictus, die monniken voorschrijft zowel veel te bidden als hard te werken. En dat laatste was er in de Orde van Cluny inmiddels nogal bij ingeschoten.
Abt op jonge leeftijd
Het in 1098 door Robert van Molesme gestichte kloostertje Cîteaux is bij de toetreding van Bernardus en zijn metgezellen nog volop in opbouw. En het raakt door deze grote groep ook meteen overbevolkt. Vandaar dat de abt, de uit Engeland afkomstige Stefan Harding, al snel besluit dat het beter is dat Bernardus met een deel van zijn groep een dochterklooster gaat stichten. Bernardus krijgt daarvoor de beschikking over een dichtbegroeid stuk bos, gelegen in het dal van een zijrivier van de Aude in de Champagnestreek, dat eigendom is van zijn neef Josbert le Roux. De ligging hiervan is zeer geschikt vanwege de nabijheid van stromend water en de doorgaande weg van Lyon naar Reims. Aan die door de graven van Champagne beschermde route liggen verscheidene steden met jaarmarkten. Deze plek is dus ook een goede uitvalsbasis voor de latere reizen van Bernardus. Hij noemt de met zijn medebroeders ontgonnen open plek in de vallei: Claire Vallée (heldere vallei), en daarvan wordt de naam van het nieuwe klooster, Clairvaux, afgeleid. Dat ontginnen is overigens een hels karwei. Omdat Bernardus geen giften van buitenaf accepteert en een uiterst sober, ascetisch leven voorstaat, hebben hij en zijn groep in het begin grote moeilijkheden. Bernardus krijgt zelfs een burn-out en houdt er zijn leven lang maag- en darmklachten aan over. Na de zware aanvangsfase komt er een bloeiperiode en een zodanige toeloop van nieuwe kloosterlingen dat al snel nieuwe dochterkloosters gesticht moeten worden, die elk op hun beurt ook weer eigen dochterkloosters gaan stichten. In 1153, het jaar van de dood van Bernardus, zijn er al 167 'Bernardijnse' kloosters, verspreid over verschillende West-Europese landen.
De reizende abt
Vanwege de visitatie van de bij Clairvaux behorende dochterkloosters is Bernardus veel op reis. Op die reizen spreekt hij ook met andere abten en wereldlijke leiders en preekt op vele plaatsen. Zijn naambekendheid neemt almaar toe. Daarom ook wordt hij uitgenodigd adviezen te geven, te bemiddelen bij allerlei conflicten en de specifieke belangen van de katholieke kerk te verdedigen. Zo raakt hij ook betrokken bij kerkpolitieke zaken als het oplossen van een conflict tussen twee rivaliserende pausen en het organiseren van de Tweede Kruistocht. Voor de eerste kwestie reist hij door Europa om steun te verwerven voor de sobere en hervormingsgezinde paus Innocentius II. Door de inspanningen van Bernardus wordt Duitse militaire hulp geboden en kan Innocentius de pauselijke troon in Rome bestijgen. Voor de tweede kwestie krijgt Bernardus een opdracht van de uit zijn eigen klooster afkomstige paus Eugenius III. Die is van mening dat de verovering door Turkse moslims van het graafschap Edessa, een kruisvaardersstaat in Oost-Turkije ontstaan tijdens de Eerste Kruistocht, ongedaan gemaakt moet worden. Volgens de overleveringen reist Bernardus op een ezel rond en verricht hij verschillende wonderen; zo weet hij vorsten en voetvolk over te halen tot militaire actie in het Midden-Oosten. De Tweede Kruistocht wordt overigens een groot fiasco, maar dat ligt meer aan incompetentie van de militaire leiding en gebrek aan onderlinge afstemming dan aan Bernardus' voorbereidende werkzaamheden.
Strijdend voor ontvankelijkheid voor Gods genade
Gedurende de 38 jaar waarin Bernardus abt van Clairvaux is, schrijft hij in een meeslepende en literaire stijl vele religieuze verhandelingen en honderden brieven en preken. In zijn benadering van de geloofsgeheimen en de Bijbelse teksten is hij nogal intuïtief en dat is kenmerkend is voor zijn spiritueel-mystiek denken. Volgens hem kan het christelijk geloof niet vruchtbaar doorwerken via de rationele weg. Daarom ook valt hij de geleerde filosoof en theoloog Pierre Abélard aan, die God en de schepping probeert te doorgronden door een logische analyse. Volgens Bernardus ondermijnt dat het geloof en hij weet de geloofsopvattingen van Abélard op het Concilie van Sens veroordeeld te krijgen.